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‣ Contributos para a inclusão digital dos estudantes com necessidades educativas especiais no ensino superior a distância : um estudo exploratório

Moleirinho, Marina
Fonte: Universidade Aberta de Portugal Publicador: Universidade Aberta de Portugal
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em //2013 Português
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Dissertação de Mestrado em Pedagogia do Elearning apresentada à Universidade Aberta; Considerando a urgência em criar trilhos de educação e ambientes online de ensino verdadeiramente acessíveis e inclusivos, torna-se essencial que esta inclusão e acessibilidade sejam uma realidade não só a todos os níveis do ensino (básico, secundário e superior) e, principalmente, tendo em conta o foco deste estudo de caso, no ensino superior a distância. O presente estudo tem como objetivos centrais conhecer as soluções/estratégias pedagógicas inclusivas desenvolvidas pelas Universidades Abertas europeias em estudo, no âmbito do atendimento dos estudantes com Necessidades Educativas Especiais (NEE) e/ou Dificuldades de Aprendizagem (DA), ou seja, com recurso às tecnologias mediadoras do ensino nestas instituições universitárias de ensino a distância (Universidades Abertas) e contribuir para a construção de propostas de apoio passíveis de serem integradas no Modelo Pedagógico Virtual® da Universidade Aberta portuguesa, constituindo-se como Universidade Aberta europeia inclusiva. A diferença e o direito a ser diferente é algo que nos complementa e nos une por um ensino melhor, por uma sociedade completa e por um mundo mais enriquecedor. É...

‣ De olho na tela : requisitos de acessibilidade em objetos de aprendizagem para alunos cegos e com limitação visual

Dias, Cristiani de Oliveira
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
Português
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Esta dissertação tem como intenção desenvolver uma proposta metodológica de adaptação e desenvolvimento de Objetos de Aprendizagem Acessíveis. Essa proposta metodológica define passo a passo o desenvolvimento do OA Acessível, seguindo o desenvolvimento de software orientado a objetos numa perspectiva inclusiva. Após a criação dessa proposta metodológica, foram feitas validações do OAA com sujeitos cegos e com limitação visual. No decorrer do texto, apresentamos as etapas de desenvolvimento do OA acessível, assim como as considerações finais do trabalho.; This methodological proposal defines step by step the development of an Accessible LO following the development of object oriented software in an inclusive perspective. After the creation of this methodological proposal, were made validations of the Accessible LO with blind subjects and with visual impairment. Throughout the text we present the development stages of the Accessible LO as well as the final considerations of the work.

‣ Non-Markovianity through flow of information between a system and an environment

Haseli, S.; Karpat, G.; Salimi, S.; Khorashad, A. S.; Fanchini, F. F.; Cakmak, B.; Aguilar, G. H.; Walborn, S. P.; Souto Ribeiro, P. H.
Fonte: Amer Physical Soc Publicador: Amer Physical Soc
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 10
Português
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Processo FAPESP: 12/50464-0; Processo FAPESP: 12/18558-5; Exchange of information between a quantum system and its surrounding environment plays a fundamental role in the study of the dynamics of open quantum systems. Here we discuss the role of the information exchange in the non-Markovian behavior of dynamical quantum processes following the decoherence approach, where we consider a quantum system that is initially correlated with its measurement apparatus, which in turn interacts with the environment. We introduce away of looking at the information exchange between the system and environment using the quantum loss, which is shown to be closely related to the measure of non-Markovianity based on the quantum mutual information. We also extend the results of Fanchini et al. [Phys. Rev. Lett. 112, 210402 (2014)] in several directions, providing a more detailed investigation of the use of the accessible information for quantifying the backflow of information from the environment to the system. Moreover, we reveal a clear conceptual relation between the entanglement-and mutual-information-based measures of non-Markovianity in terms of the quantum loss and accessible information. We compare different ways of studying the information flow in two theoretical examples. We also present experimental results on the investigation of the quantum loss and accessible information for a two-level system undergoing a zero temperature amplitude damping process. We use an optical approach that allows full access to the state of the environment.

‣ Convergência entre acessibilidade espacial escolar, pedagogia construtivista e escola inclusiva

Loch, Márcia do Valle Pereira
Fonte: Florianópolis, SC Publicador: Florianópolis, SC
Tipo: Tese de Doutorado Formato: xii, 269 f.| il.
Português
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Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Produção.; Este trabalho tem como foco de pesquisa a Inclusão Escolar de crianças com deficiências, elegendo, dentro da complexidade do tema, explorá-lo no contexto da Acessibilidade Espacial e da Pedagogia. Seu objetivo é verificar a convergência entre elementos que orientam a Acessibilidade Espacial Escolar e a Pedagogia Construtivista no contexto da Escola Inclusiva. Para tal, estuda os elementos da Acessibilidade Espacial Escolar e da Pedagogia Construtivista que entram em sintonia com a Inclusão Escolar. Em seguida, identifica um conjunto de Unidades de Convergências que são elementos elaborados para determinar a convergência dos fatores relevantes dentro da Acessibilidade Espacial Escolar e da Pedagogia Construtivista, assim como da Inclusão Escolar. Após a elaboração das unidades de convergências, a partir de uma análise e uma síntese do referencial teórico realizado, elabora-se uma estrutura que explora estas possíveis convergências. Desta forma, a estrutura contém três conjuntos de 20 unidades de convergências, uma para cada área de estudo, ou seja, Acessibilidade Espacial Escolar...

‣ Avaliação de ambientes virtuais de ensino aprendizagem acessíveis através de testes de usabilidade com emoções

Berg, Carlos Henrique
Fonte: Universidade Federal de Santa Catarina Publicador: Universidade Federal de Santa Catarina
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: 79 p.| il., grafs., tabs.
Português
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Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia e Gestão do Conhecimento, Florianópolis, 2013.; O crescimento populacional e, proporcionalmente, das pessoas com deficiência, torna necessário o desenvolvimento de ferramentas e métodos capazes de promover educação e conhecimento sem distinção. A Educação a Distância (EAD), que hoje encontra suporte nas Tecnologias da Informação e da Comunicação (TIC), amplia oportunidades e o acesso à educação por meio de Ambientes Virtuais de Ensino Aprendizagem (AVEAs). Nesses ambientes é possível ter-se acesso a conteúdo de cursos, comunicar-se com colegas e professores e realizar avaliações de conhecimento. Os AVEAs medeiam seus conteúdos com os humanos através de Interfaces Humano Computador (IHC) e simulam o pensamento com o uso de metáforas. Tais metáforas podem criar barreiras à compreensão dos conteúdos, não motivando os usuários. O objetivo desta pesquisa é identificar métodos de avaliação de IHC com emoções e testá-los junto a usuários finais do sistema. Os métodos utilizados para atingir essa meta constituíram-se de uma Revisão Sistemática de Literatura para definir os conceitos que envolvem a pesquisa; o uso da estrutura DECIDE para o seu planejamento com usuários e a aplicação da ferramenta Emocard no AVEA WebGD Acessível...

‣ Aspectos relevantes de acessibilidade em bibliotecas universitárias na Região Sul e na percepção de alunos com deficiência na Universidade Federal de Santa Catarina

Carboni, Jaqueline Cristina
Fonte: Universidade Federal de Santa Catarina Publicador: Universidade Federal de Santa Catarina
Tipo: Trabalho de Conclusão de Curso Formato: 54 f.
Português
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TCC (graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências da Educação. Curso de Biblioteconomia.; As bibliotecas Universitárias devem ser projetadas de acordo com a Norma da ABNT NBR 9050:2004 a fim de tornarem-se acessíveis fisicamente, bem como possuírem projetos e ambientes de acessibilidade informacional, com o intuito de tornarem-se acessíveis para os usuários com deficiências. O objetivo do trabalho é identificar o nível de acessibilidade física e informacional da Biblioteca universitária Central da Universidade Federal de Santa Catarina e das Bibliotecas das Universidades Federais da Região Sul na percepção dos alunos com deficiência. Como metodologia de trabalho foi realizado além de um referencial teórico, também a aplicação de questionários com os bibliotecários das Bibliotecas das Universidades Federais da Região Sul e com alunos da Universidade Federal de Santa Catarina que possuem algum tipo de deficiência. De acordo com a análise foi possível identificar como principal fraqueza da Biblioteca Central a ausência de sinalizações adequadas e ausência de materiais adaptados em determinadas áreas do conhecimento. Segundo os alunos com deficiência a Biblioteca Central encontra-se no geral acessível; The University libraries should be designed according to ABNT NBR 9050:2004 in order to be come physically accessible...

‣ Acessibilidade para pessoas com deficiência e inclusão social no Turismo : a experiência da cidade de Socorro - SP

Serpa, Ana Beatriz Borges
Fonte: Universidade de Brasília Publicador: Universidade de Brasília
Tipo: Dissertação
Português
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Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Centro de Excelência em Turismo, 2009. Texto parcialmente liberado pelo autor.; A preocupação com o atendimento às pessoas com deficiência vem crescendo no Brasil nos últimos 20 anos, sobretudo após a promulgação da Constituição Federal de 1988. Com os direitos garantidos constitucionalmente, foram surgindo leis e medidas governamentais, que se somaram à sociedade civil, na promoção da igualdade de oportunidades às pessoas com deficiência no que tange ao acesso à educação, saúde, trabalho e lazer. Entre estes direitos está o acesso ao lazer em turismo, que pressupõe um conjunto de medidas de adaptação de forma a garantir o acesso com segurança e autonomia, total ou assistida, pelo público em questão. Este trabalho trata das medidas que um destino turístico deve tomar para se tornar acessível ao turista com deficiência, a partir do exemplo prático do município de Socorro – SP. Realizamos um levantamento de como estão se adaptando para a acessibilidade alguns destinos turísticos fora do Brasil e das políticas públicas brasileiras sobre acessibilidade, para chegar a uma lista de requisitos a serem atendidos por um município para que seja considerado acessível para turistas com deficiência. O exemplo da cidade de Socorro nos serve para ilustrar a prática de um município que se mobiliza para providenciar os requisitos necessários para se tornar acessível. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT; The concern with the care for disabled people is increasing in Brazil over the past 20 years...

‣ Electrochemical generation of hydroxyl radicals for protein oxidation studies

Oliveira, Raquel; Bento, M. Fátima; Geraldo, M. Dulce; Marcos, João Carlos; Rodrigues, João
Fonte: Universidade do Minho Publicador: Universidade do Minho
Tipo: Conferência ou Objeto de Conferência
Publicado em /08/2012 Português
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In the last decades, different studies shown that the increase in oxidative stress is associated with the risk factors implicated in the pathophysiology of many chronic diseases. Therefore it is important to evaluate the role that hydroxyl radicals-mediated damage may play in major human disorders. Proteins are important targets as they compose ca. 70% of cells. To understand the impact of specific modifications on protein function, stability and toxicity resulting of the damage caused by the attacked of these radicals it is important to characterize the proteins oxidation products obtained from assays where hydroxyl radicals are generated by clean processes [1]. In spite of radiolysis and photolysis are adequate for this purpose they are not accessible for most laboratories. On the other hand, Fenton-like reactions are quite accessible but have many drawbacks associated to the use of chemical precursors that can bias results [2]. In this context the electrochemical generation of hydroxyl radical can provide an alternative method that is both clean and accessible, were these radicals are formed as intermediate in the oxidation of water to produce oxygen. This reaction can be accomplished in different electrode materials such as of boron doped diamond electrodes (BDD) and platinum (Pt)...

‣ Parâmetros responsáveis pela variação da refinabilidade de pastas

Sousa, Cátia Trindade de
Fonte: Universidade de Aveiro Publicador: Universidade de Aveiro
Tipo: Dissertação de Mestrado
Português
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A indústria de pasta e papel atingiu um elevado peso na economia portuguesa. O Eucalyptus globulus, alcançou uma grande notoriedade devido às excelentes propriedades papeleiras. Consequentemente a manutenção da qualidade da pasta branca assume um papel importante no quotidiano das fábricas de pasta, particularmente nas fábricas integradas. A presente tese centra-se num dos aspectos mais frequentemente monitorizados e está associado à refinabilidade das pastas brancas, mais propriamente pastas kraft de Eucalytus globulus. Existe a evidencia de que variações na refinabilidade da pasta branca afecta a regularidade da mesma, reflectindo-se indirectamente na variabilidade do próprio processo de produção de papel e consequentemente causando um gasto elevado de energia para atingir as propriedades desejadas, afectando a economia do sector papeleiro. Face a este cenário, o objectivo desta tese é identificar as propriedades físicoquimicas primárias das fibras que estão na origem das variações de refinabilidade das pastas brancas. Para tal, partiu-se de duas pastas branqueadas, do mesmo tipo de madeira, recolhidas em condições de cozimento e branqueamento semelhantes, com características de refinabilidade bastante diferente. Inicialmente estas pastas foram caracterizadas a nível das suas propriedades papeleiras no âmbito de quantificar a grandeza das diferenças de refinabilidade existente entre as pastas. A segunda parte consistiu na caracterização de todos os parâmetros de índole química e físicomorfológicos que possam estar associados à refinabilidade. A principal conclusão deste trabalho...

‣ Cartazes urbanos acessíveis a pessoas cegas: estratégias e paradigmas de interação

Mineiro, Joana Pimparel
Fonte: Universidade de Aveiro Publicador: Universidade de Aveiro
Tipo: Dissertação de Mestrado
Português
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A presente investigação tem como principal propósito a exploração da área da acessibilidade a pessoas cegas, procurando compreender como um cego consegue “ver” um cartaz de rua. Pretende-se conhecer e estudar como estes indivíduos interagem com o espaço urbano e compreender quais as melhores estratégias e paradigmas de interação a utilizar neste contexto. A principal finalidade é, pois, contribuir para a construção de um espaço urbano mais acessível, como forma de proporcionar a divulgação e a inclusão de todos. De forma a analisar e validar as melhores estratégias para a construção de um cartaz de rua acessível a cegos, foi construído um protótipo de um cartaz urbano acessível, que se constituiu como o principal instrumento metodológico do trabalho desenvolvido. Os resultados obtidos com o processo de prototipagem e respetiva validação indicam que o modelo de sistema usado se revelou funcional e tecnologicamente viável, promotor da inclusão social e digital das pessoas cegas. Foi ainda possível identificar um conjunto de procedimentos orientadores para a construção de um cartaz urbano acessível a todos, destacando-se a necessidade de assegurar uma relação estreita entre os utilizadores finais dos cartazes (quem usa) e as equipas de desenvolvimento (quem os produz e concebe).; This research addresses the main purpose of exploring the area of accessibility to blind people...

‣ Mobile Web Accessibility Evaluation

Bandeira, António Rogério Crisóstomo de Campos
Fonte: Universidade de Lisboa Publicador: Universidade de Lisboa
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em //2010 Português
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Tese de mestrado, Informática, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2010; This work presents an approach to mobile Web accessibility evaluation allowing for Web content accessibility and mobile adequacy assessment, regarding different selectable disability profiles. We propose an extension to existing methodologies in order to fully encompass a thorough integration of mobile and accessibility guidelines within specific impairments perspectives and a prototype that serves as a proof of concept tool for that methodology. The integrated guidelines include MWBP and WCAG recommendations. It is well known that these sets overlap. Some subsets of MWBP should always be considered regardless of the users’ special needs, other are relevant for specific disability types. We claim that when specific disabilities are addressed some MWBP might become irrelevant. We developed a proof of concept tool, MWAAT, which fully addressed the basic concepts of the proposed methodology. Its analysis, design and the most relevant implementation aspects are presented in this dissertation. Regarding the development perspective, MWAAT adopts a very flexible approach envisioning its future integration into the ACCESSIBLE project platform and its potential extension into other guideline sets and alternative scenarios. As other available tools...

‣ Aplicações de Tele-assistência Despensa Inteligente

Barrias, Ana Isabel Alves
Fonte: Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro Publicador: Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro
Tipo: Dissertação de Mestrado
Português
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Dissertação de Mestrado em Informática; Actualmente a população está a envelhecer e são muitos os idosos que vivem sozinhos nas suas próprias casas ou dependentes de alguém. Uma forma de ajudar a combater esta solidão é integrá-los na sociedade actual, uma sociedade moderna e tecnológica. No âmbito do projecto da despensa inteligente, percebeu-se que era conveniente explorar o seu potencial na área da tele-assistência, que tem como principal objectivo melhorar a qualidade de vida de pessoas que precisem de assistência, tais como os idosos. Isso é alcançado através da implementação de novas tecnologias nas casas dessas pessoas, de modo a implementar um ambiente assistido. Mas, como grande parte dos idosos não utiliza as novas tecnologias, é necessário torná-las mais acessíveis e usáveis. Desta forma, antes da especificação de um serviço de tele-assistência, foi fundamental fazer um estudo sobre a ligação entre idosos e tecnologias e perceber como contribuir para a chamada “inclusão digital”. Percebendo-se os benefícios da tele-assistência, decidiu-se dar um contributo através de uma aplicação que pretende ajudar os idosos a gerir a medicação e avisar quando têm consultas médicas ou medicamentos para tomar. Baseadas nas especificações de um caso de estudo...

‣ Highly conserved features of DNA binding between two divergent members of the Myb family of transcription factors

Pinson, Benoît; Brendeford, Elen M.; Gabrielsen, Odd S.; Daignan-Fornier, Bertrand
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 15/01/2001 Português
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Bas1p, a divergent yeast member of the Myb family of transcription factors, shares with the proteins of this family a highly conserved cysteine residue proposed to play a role in redox regulation. Substitutions of this residue in Bas1p (C153) allowed us to establish that, despite its very high conservation, it is not strictly required for Bas1p function: its substitution with a small hydrophobic residue led to a fully functional protein in vitro and in vivo. C153 was accessible to an alkylating agent in the free protein but was protected by prior exposure to DNA. The reactivity of cysteines in the first and third repeats was much lower than in the second repeat, suggesting a more accessible conformation of repeat 2. Proteolysis protection, fluorescence quenching and circular dichroism experiments further indicated that DNA binding induces structural changes making Bas1p less accessible to modifying agents. Altogether, our results strongly suggest that the second repeat of the DNA-binding domain of Bas1p behaves similarly to its Myb counterpart, i.e. a DNA-induced conformational change in the second repeat leads to formation of a full helix–turn–helix-related motif with the cysteine packed in the hydrophobic core of the repeat.

‣ rrndb: the Ribosomal RNA Operon Copy Number Database

Klappenbach, Joel A.; Saxman, Paul R.; Cole, James R.; Schmidt, Thomas M.
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 01/01/2001 Português
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The Ribosomal RNA Operon Copy Number Database (rrndb) is an Internet-accessible database containing annotated information on rRNA operon copy number among prokaryotes. Gene redundancy is uncommon in prokaryotic genomes, yet the rRNA genes can vary from one to as many as 15 copies. Despite the widespread use of 16S rRNA gene sequences for identification of prokaryotes, information on the number and sequence of individual rRNA genes in a genome is not readily accessible. In an attempt to understand the evolutionary implications of rRNA operon redundancy, we have created a phylogenetically arranged report on rRNA gene copy number for a diverse collection of prokaryotic microorganisms. Each entry (organism) in the rrndb contains detailed information linked directly to external websites including the Ribosomal Database Project, GenBank, PubMed and several culture collections. Data contained in the rrndb will be valuable to researchers investigating microbial ecology and evolution using 16S rRNA gene sequences. The rrndb web site is directly accessible on the WWW at http://rrndb.cme.msu.edu.

‣ The Surface Conformation of Sindbis Virus Glycoproteins E1 and E2 at Neutral and Low pH, as Determined by Mass Spectrometry-Based Mapping

Phinney, Brett S.; Blackburn, Kevin; Brown, Dennis T.
Fonte: American Society for Microbiology Publicador: American Society for Microbiology
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em /06/2000 Português
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Sindbis virus contains two membrane glycoproteins, E1 and E2, which are organized into 80 trimers of heterodimers (spikes). These trimers form a precise T=4 icosahedral protein lattice on the surface of the virus. Very little is known about the organization of the E1 and E2 glycoproteins within the spike trimer. To gain a better understanding of how the proteins E1 and E2 are arranged in the virus membrane, we have used the techniques of limited proteolysis and amino acid chemical modification in combination with mass spectrometry. We have determined that at neutral pH the E1 protein regions that are accessible to proteases include domains 1–21 (region encompassing amino acids 1 to 21), 161–176, and 212–220, while the E2 regions that are accessible include domains 31–84, 134–148, 158–186, 231–260, 299–314, and 324–337. When Sindbis virus is exposed to low pH, E2 amino acid domains 99–102 and 262–309 became exposed while other domains became inaccessible. Many new E1 regions became accessible after exposure to low pH, including region 86–91, which is in the putative fusion domain of E1 of Semliki Forest virus (SFV) (M. C. Kielian et al., J. Cell Biol. 134:863–872, 1996). E1 273–287 and region 145–158 were also exposed at low pH. These data support a model for the structure of the alphavirus spike in which the E1 glycoproteins are centrally located as trimers which are surrounded and protected by the E2 glycoprotein. These data improve our understanding of the structure of the virus membrane and have implications for understanding the protein conformational changes which accompany the process of virus-cell membrane fusion.

‣ Solving rate equations for electron tunneling via discrete quantum states

Bonet, Edgar; Deshmukh, Mandar M.; Ralph, D. C.
Fonte: Universidade Cornell Publicador: Universidade Cornell
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 15/08/2001 Português
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We consider the form of the current-voltage curves generated when tunneling spectroscopy is used to measure the energies of individual electronic energy levels in nanometer-scale systems. We point out that the voltage positions of the tunneling resonances can undergo temperature-dependent shifts, leading to errors in spectroscopic measurements that are proportional to temperature. We do this by solving the set of rate equations that can be used to describe electron tunneling via discrete quantum states, for a number of cases important for comparison to experiments, including (1) when just one spin-degenerate level is accessible for transport, (2) when 2 spin-degenerate levels are accessible, with no variation in electron-electron interactions between eigenstates, and (3) when 2 spin-degenerate levels are accessible, but with variations in electron-electron interactions. We also comment on the general case with an arbitrary number of accessible levels. In each case we analyze the voltage-positions, amplitudes, and widths of the current steps due to the quantum states.; Comment: REVTeX 4, 10 pages, 12 figures, submitted to Phys. Rev. B. Associated programs available at http://www.ccmr.cornell.edu/~ralph/

‣ Class-combinatorial model categories

Chorny, Boris; Rosický, Jiří
Fonte: Universidade Cornell Publicador: Universidade Cornell
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 19/10/2011 Português
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We extend the framework of combinatorial model categories, so that the category of small presheaves over large indexing categories and ind-categories would be embraced by the new machinery called class-combinatorial model categories. The definition of the new class of model categories is based on the corresponding extension of the theory of locally presentable and accessible categories developed in the companion paper [arXiv:1110.0605], where we introduced the concepts of locally class-presentable and class-accessible categories. In this work we prove that the category of weak equivalences of a nice class-combinatorial model category is class-accessible. Our extension of J. Smith localization theorem depends on the verification of a cosolution-set condition. The deepest result is that the (left Bousfield) localization of a class-combinatorial model category with respect to a strongly class-accessible localization functor is class-combinatorial again.; Comment: 21 pages

‣ Evolutionary accessibility of modular fitness landscapes

Schmiegelt, Benjamin; Krug, Joachim
Fonte: Universidade Cornell Publicador: Universidade Cornell
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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A fitness landscape is a mapping from the space of genetic sequences, which is modeled here as a binary hypercube of dimension $L$, to the real numbers. We consider random models of fitness landscapes, where fitness values are assigned according to some probabilistic rule, and study the statistical properties of pathways to the global fitness maximum along which fitness increases monotonically. Such paths are important for evolution because they are the only ones that are accessible to an adapting population when mutations occur at a low rate. The focus of this work is on the block model introduced by A.S. Perelson and C.A. Macken [Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:9657 (1995)] where the genome is decomposed into disjoint sets of loci (`modules') that contribute independently to fitness, and fitness values within blocks are assigned at random. We show that the number of accessible paths can be written as a product of the path numbers within the blocks, which provides a detailed analytic description of the path statistics. The block model can be viewed as a special case of Kauffman's NK-model, and we compare the analytic results to simulations of the NK-model with different genetic architectures. We find that the mean number of accessible paths in the different versions of the model are quite similar...

‣ Caracterització de l'estructura i funció del transportador de melibiosa d'Escherichia coli per espectroscòpia d'infraroig

Davé i Coll, Natàlia
Fonte: Bellaterra : Universitat Autònoma de Barcelona, Publicador: Bellaterra : Universitat Autònoma de Barcelona,
Tipo: Tesis i dissertacions electròniques; info:eu-repo/semantics/doctoralThesis Formato: application/pdf
Publicado em //2005 Português
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Consultable des del TDX; Títol obtingut de la portada digitalitzada; La MelB és una proteïna integral de membrana d'Escherichia coli (473 amino àcids) que transporta - o -galactòsids a l'interior de la cèl•lula, gràcies a l'energia obtinguda dels cations Na+, H+ o Li+ que cotransporta de forma simport. Cada catió competeix pel mateix lloc d'unió, essent el Na+ i el Li+ millors activadors. El model topològic d'estructura secundària acceptat actualment consta de 12 hèlixs transmembrana, amb el costat N- i C-terminal a la cara citoplasmàtica de la membrana. En aquest treball, s'ha estudiat la proteïna solubilitzada i reconstituïda en lípids d'E.coli en quatre condicions diferents de substrats: Na+, H+, Na+ i melibiosa i H+ i melibiosa. Primerament, es va estudiar i quantificar l'estructura secundària de la MelB per espectroscòpia d'infraroig de transmissió. L'estudi revelà l'existència de dos tipus d'hèlixs alfa que sofreixen canvis conformacionals deguts a la unió a diferents substrats, essent la unió del catió Na+ el que produeix canvis majors. Aquest resultat, és coherent els canvis conformacionals a nivell dels triptòfans intrínsecs de la proteïna trobats per espectroscòpia de fluorescència. La solubilització de la MelB en detergents desnaturalitzants o bé...

‣ The Role of Epigenetics in Regulating V(D)J Recombination and Allelic Exclusion

Kondilis-Mangum, Hrisavgi Demetrios
Fonte: Universidade Duke Publicador: Universidade Duke
Tipo: Dissertação
Publicado em //2011 Português
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As members of the adaptive immune response, T- and B- cells express unique antigen receptors generated from antigen receptor loci. These loci encode multiple Variable (V), Diversity (D), and Joining (J) gene segments. Through a process known as V(D)J recombination, genomic rearrangements occur to generate a unique antigen receptor proteins. During each stage of lymphocyte development, antigen receptor loci are epigenetically regulated. The epigenetic regulation promotes and inhibits V(D)J recombination through different mechanisms. To generate an antigen receptor protein, the substrates for rearrangement (recombination signal sequences, RSSs) must be made accessible to the recombination machinery. Moreover, once an antigen receptor locus has rearranged and produced a successful in-frame protein, a mechanism known as allelic exclusion prevents further recombination.

The nucleosome can positively and negatively regulate V(D)J recombination. Therefore, we defined the in vivo nucleosome organization of accessible and inaccessible RSSs on the Tcr loci. We used Tcrb and Tcra alleles which lack various cis-elements (e.g. enhancers and promoters) and terminate transcription. By comparing nucleosome organization and histone octamer occupancy...