CONTEXTO: As hepatites virais constituem doença de notificação compulsória e apresentam grande importância em nosso meio devido à elevada prevalência. OBJETIVO: Comparar o perfil epidemiológico dos casos confirmados de hepatites B e C notificados no Núcleo de Vigilância Epidemiológica do Hospital do Servidor Público Estadual de São Paulo, São Paulo, SP, no período entre janeiro de 2004 e abril de 2007. MATERIAL: Os resultados foram analisados através do teste do qui ao quadrado. RESULTADOS: Observou-se 112 casos confirmados de hepatite B e 651 de hepatite C. Houve predominância do sexo masculino dentre os casos de hepatite B e do sexo feminino entre os de hepatite C, com significância estatística. A faixa etária mais frequente foi de 30 a 39 anos, considerando-se hepatite B (P<0,01) e 40 a 49 anos para hepatite C (P = 0,49). A astenia foi o sintoma mais relatado. Os fatores de risco predominantes foram: doenças sexualmente transmissíveis (hepatite B; P<0,01), tratamento cirúrgico e transfusão de sangue (hepatite C; P<0,01). A confirmação por critério laboratorial foi predominante e quanto à forma clínica, observou-se evolução para hepatite crônica em 54,5% e 81,7% dos casos, respectivamente para hepatite B e C (P<0...